Le développement considérable d’Amalfi était dû en grande partie à l’indépendance dont elle jouissait ; mais la limitation de son territoire, sa faiblesse militaire et la carence de l’appui byzantin rendait cette indépendance fragile.

En 1039 Guaimar V (ou IV), prince de Salerne, s’empara du duché d’Amalfi et bien qu’il laissa le pouvoir au duc Manson II « l’aveugle », il y établit en réalité la domination salernitaine sur la ville. Pressurés par les salernitains, les amalfitains gouvernés par Serge IV se tournèrent vers le normand Robert Guiscard en 1073. Salerne capitula mais les amalfitains durent laisser les normands occuper leur ville, en ayant à nouveau la paix au prix de leur liberté. Le terror mundi (terreur du monde) se montra toutefois magnanime envers les amalfitains, en leur accordant une certaine autonomie. Après la mort du prince normand en 1085, Amalfi chercha plusieurs fois à se défaire du joug normand.

La domination normande empêcha le commerce avec l’Orient, à cause de leur politique anti-byzantine et anti-islamiste, limitant les échanges économiques seulement aux ports du Sud de l’Italie et en favorisant le développement d’autres activités, surtout dans le domaine de l’agriculture et de l’artisanat.

En 1131 la conquête par les Normands du Duché d’Amalfi et la naissance du Royaume de Sicile mis un terme à l’indépendance.

Mais sa florissante économie et sa puissance maritime, bien qu’affaiblies, ne s’éclipsèrent pas pour autant. En réalité Amalfi fut dépassée dans le commerce et dans les activités maritimes par des puissances émergentes concurrentes, tel que Pise et Gênes.
La donne changea brutalement en 1135, quand Amalfi subit un horrible pillage de la part des « traîtres » pisans, initialement appelés en secours contre l’arrogance normande. Dès lors, la décadence d’Amalfi fut bel et bien entamée.

Cependant, la vraie crise économique d’Amalfi dans la période médiévale est à rechercher pendant la Guerre des Vêpres siciliennes (1282), opposant Angevins et Aragonais pour la domination de l’Italie méridionale, à la suite de laquelle Amalfi et son territoire furent bloqués de la mer, plusieurs fois envahis, et subirent la concurrence commerciale catalane.

Dans la première partie du XIVe siècle des calamités naturelles plièrent définitivement l’économie de la Côte Amalfitaine déjà irrémédiablement affaiblie.

En 1343 un épouvantable raz-de-marée déferla sur la côte ; une grande partie des habitations furent détruites, dont probablement le palais Ducal. Les fortifications furent submergées, tout comme les chantiers navals, les magasins et les équipements maritimes. Cinq ans plus tard, la célèbre peste de 1348 acheva l’œuvre de destruction en s’attaquant aux hommes eux-mêmes. Amalfi et toutes les villes voisines de la côte, qui étaient de splendides citées peuplées et fortifiées, riches de palais somptueux, ornés de fresques, de marbres, de colonnes et de fontaines, devinrent de modestes villages, désormais privés de la richesse qui venait de la mer. Ils s’en retournèrent à une économie traditionnelle de pêche, d’artisanat local et d’agriculture.

De 1392 à 1583, le duché d’Amalfi fut assujetti. Il vit se succéder parmi les ducs d’Amalfi les représentant de nobles familles comme les Colona, les Orsini et finalement les Piccolomini.

Pendant ces années là, à Amalfi, Atrani et Minori, se développèrent de nombreuses fabriques de pâtes qui rendirent célèbres les pâtes de la Côte dans tout l’Italie méridionale.

Au cours des XVIIe et des XVIIIe siècles, la ville et son territoire connurent un complet renouvellement artistique et architectural, particulièrement évident pour les monuments religieux.

En juin 1807 Joseph Bonaparte visita le royaume. Frappé par la beauté de la côte amalfitaine, il décida de construire une route côtière pour faciliter l’accès à Naples, capitale du royaume. Entamée en 1816, poursuivie par Murat, la route fut seulement inaugurée en 1854 par Ferdinand II.

Au XIXe, Amalfi fut redécouverte comme destination pour de nombreux voyageurs étrangers. Ses paysages, monuments, sa vie autochtone devinrent sources d’inspiration pour de nombreux écrivains, peintres, et architectes en provenance de toute l’Europe.

L’affirmation du phénomène touristique redonna une certaine croissance à Amalfi, l’épicentre économique de la côte à laquelle elle légua son nom.